تمامی این پایگاه های علمی از چند فاکتور برای رتبه بندی ژورنال های نمایه شده استفاده می کنند یکی از این فاکتورها اچ ایندکس (H-Index) است. همانطور که در مقالات پیشین گفته شد این شاخص علاوه بر رتبه بندی ژورنال ها در زمینه رتبه بندی نویسندگان نیز کاربرد دارد. بر اساس تعریف اچ ایندکس (H-Index)، تعداد ارجاعات به یک مقاله به نسبت تعداد مقالات چاپ شده از یک نویسنده نشان دهنده شاخص اچ ایندکس او خواهد بود و همین موضوع برای ژورنال ها نیز صادق صادق است.

به زبان ساده تر ژورنال هایی که اچ ایندکس (H-Index) بالاتری دارند یعنی تعداد ارجاعات به مقالات آنها بالاتر است. یعنی مقالاتی که در این ژورنال ها به چاپ می رسند به احتمال بسیار زیاد از کیفیت و اعتبار بالاتری برخوردار هستند. یکی دیگر از شاخص های بسیار مهم، ماتریکس CiteScore است. این شاخص که به تازگی توسط الزویر (Elsevier) در سال 2016 ارائه شده به نوعی رقیبی برای ایمپکت فاکتور است و به تقسیم استنادها در سه سال اخیر تاکید دارد.

برای مثال سایت اسکور یک ژورنال در سال 2015 عدد 20 است. سایت اسکور اینگونه محاسبه می شود که تعداد استنادها در سال های 2012، 2013، و 2014 استخراج شده و بر تعداد مقالات این ژورنال در سال های مذکور تقسیم می شود. اما شاخص دیگر برای رتبه بندی ژورنال های بین المللی استفاده از SNIP است.

این شاخص به نوعی مشابه ضریب تاثیر است اما بر اساس منابع تعدیل شده است. این شاخص توسط پایگاه علمی اسکوپوس معرفی شد و در حال حاضر توسط طیف وسیعی از پایگاه های رتبه بندی ژورنال مورد استفاده قرار می گیرد. شاخص اسنیپ (SNIP) تعداد ارجاعات در یک ژورنال را به تعداد مقالات به چاپ رسیده تقسیم می کند با این تفاوت که تمرکز آن بر روی یک بازه سه ساله بوده در حوزه خاصی از علوم این کار را انجام می دهد. اما رتبه بندی ژورنال های داخلی تا حدی متفاوت است.

ژورنال های داخلی بر اساس میزان کیفیت و درجه علمی آنها به سه دسته کلی (1) علمی-پژوهشی، (2) علمی-ترویجی و (3) علمی-تخصصی دسته بندی می شوند. تمامی ژورنال های داخلی زیر نظر سه پایگاه یا موسسه قرار می گیرند که وظیفه بررسی کیفیت و رتبه بندی ژورنال های داخلی را دارد. این سه نهاد عمده عبارتند از (1) وزارت علوم، تحقیقات و فناوری اطلاعات، (2) حوزه علمیه و (3) وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی.